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纳古菌门（学名：Nanoarchaeota），是古菌的一门，迄今只包括一个种，即由卡尔·施泰特尔于2002年在冰岛的热泉口发现的骑行纳古菌（Nanoarchaeum equitans）。这是在另一种古菌燃球菌上生活的专性共生菌。通过核糖体小亚基rRNA的系统发生树，初步将其单列为一个门。

形态特征

纳古菌门的细胞直径大约400 nm，基因组只有48万个碱基对，这是目前已发现的细胞生物中（即除掉病毒之外）基因组最小的生物。

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